SimpleITK Python: Procesamiento de Imágenes Médicas con SimpleITK en Python

SimpleITK Python: Procesamiento de Imágenes Médicas con SimpleITK en Python

SimpleITK es una biblioteca Python de código abierto para el procesamiento de imágenes médicas. Es una biblioteca potente y flexible que permite a los usuarios leer, escribir, visualizar y procesar imágenes médicas de una amplia gama de formatos.

En este tutorial, aprenderemos a usar SimpleITK para realizar tareas básicas de procesamiento de imágenes médicas. Comenzaremos por instalar SimpleITK y luego aprenderemos a leer y escribir imágenes médicas. Luego, veremos cómo aplicar filtros y operaciones morfológicas a las imágenes. Finalmente, veremos cómo visualizar imágenes médicas.

Instalación de SimpleITK

Para instalar SimpleITK, podemos usar el administrador de paquetes de Python. En Ubuntu, podemos usar el siguiente comando:

sudo apt-get install python3-simpleitk

En Windows, podemos usar el siguiente comando:

pip install SimpleITK

Lectura y escritura de imágenes médicas

SimpleITK admite la lectura y escritura de una amplia gama de formatos de archivos de imágenes médicas, incluidos DICOM, NIfTI, Analyze y JPEG.

Para leer una imagen médica, podemos usar la función ReadImage(). Esta función toma como argumento el nombre del archivo de imagen.

Python
import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("image.nii.gz")

Para escribir una imagen médica, podemos usar la función WriteImage(). Esta función toma como argumentos la imagen a escribir y el nombre del archivo de salida.

Python
sitk.WriteImage(image, "output.nii.gz")

Aplicación de filtros

SimpleITK proporciona una amplia gama de filtros para el procesamiento de imágenes médicas. Algunos de los filtros más comunes incluyen:

  • Filtros de suavizado: Estos filtros se utilizan para reducir el ruido en las imágenes.
  • Filtros de realce de bordes: Estos filtros se utilizan para resaltar los bordes en las imágenes.
  • Filtros morfológicos: Estos filtros se utilizan para realizar operaciones como erosión, dilatación y apertura.

Para aplicar un filtro a una imagen, podemos usar la función Filter(). Esta función toma como argumentos la imagen a procesar, el filtro a aplicar y los parámetros del filtro.

Python
import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("image.nii.gz")

# Aplicar un filtro de suavizado
smoothed_image = sitk.Filter(image, sitk.SmoothingFilter(), sigma=1.0)

# Aplicar un filtro de realce de bordes
edge_image = sitk.Filter(image, sitk.GradientMagnitudeImageFilter(), sigma=1.0)

Visualización de imágenes médicas

SimpleITK proporciona una función Show() para visualizar imágenes médicas. Esta función toma como argumento la imagen a visualizar.

Python
import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("image.nii.gz")

sitk.Show(image)

Ejemplo completo

En este ejemplo, leeremos una imagen médica, aplicaremos un filtro de suavizado y la visualizaremos.

Python
import SimpleITK as sitk

image = sitk.ReadImage("image.nii.gz")

# Aplicar un filtro de suavizado
smoothed_image = sitk.Filter(image, sitk.SmoothingFilter(), sigma=1.0)

# Visualizar la imagen
sitk.Show(smoothed_image)

Conclusión

SimpleITK es una biblioteca poderosa y flexible que permite a los usuarios realizar tareas básicas de procesamiento de imágenes médicas. En este tutorial, aprendimos a instalar SimpleITK, leer y escribir imágenes médicas, aplicar filtros y operaciones morfológicas, y visualizar imágenes médicas.